睿聯(lián)實(shí)時渲染虛擬仿真小型機(jī)應(yīng)用之活體細(xì)胞動力分析系統(tǒng)
目前,大部分細(xì)胞檢測方法采用的仍是傳統(tǒng)的終點(diǎn)法——僅僅是給實(shí)驗(yàn)定格了一個最終結(jié)果,而且經(jīng)常需要標(biāo)記和破壞細(xì)胞。這就是當(dāng)前細(xì)胞分析方法的最大限制,因?yàn)榧?xì)胞是活體,其生物學(xué)和細(xì)胞進(jìn)程是動態(tài)而非靜態(tài)的。因此,為了更充分的了解和測量生物學(xué)和細(xì)胞進(jìn)程,應(yīng)當(dāng)使用一種非侵入性的系統(tǒng),來記錄細(xì)胞應(yīng)答某些刺激(如藥物處理或某種生長因子刺激)時所產(chǎn)生的動態(tài)變化。
目前,國外研究進(jìn)行活體細(xì)胞動力分析已進(jìn)入納米級,納米級分子動力學(xué)(NAMD)以及視覺分子動力學(xué)(VMD)都是功能強(qiáng)大且應(yīng)用廣泛的工具軟件,它們被用于生物分子過程的模擬和可視化。但是,模擬復(fù)雜的分子系統(tǒng)是一件耗時的工作,而且還需要使用巨大、復(fù)雜的計算機(jī)群集才能完成。
睿聯(lián)嘉業(yè)Plex D2型實(shí)時渲染虛擬仿真小型機(jī)在離子模擬方面的速度了比18顆CPU的群集高出了100多倍(以CPU總時間對比GPU總時間為基礎(chǔ)計算得出)。該機(jī)采用NVIDIA 最新Quadro® Plex 可視化處理系統(tǒng)(VCS),實(shí)現(xiàn)了虛擬仿真實(shí)時渲染可視化運(yùn)算密度的巨大飛躍,帶來突破性的處理效率和處理能力。采用一臺三顆GPU的工作站時,類似的視覺分子動力學(xué)工具中的時均化靜電運(yùn)算達(dá)到了705 Gigaflops的浮點(diǎn)性能。這種超高的性能讓所有生物學(xué)研究人員的工作站均能夠達(dá)到等同于計算群集的計算能力。
有了GPU計算,分子模擬就不再受到群集的服務(wù)器空間限制了。通過在個人實(shí)驗(yàn)室的工作站以及臺式機(jī)上運(yùn)行模擬,項目不再因計算資源稀缺而互相爭搶。與從前只能排隊等待處理相反,研究人員在需要時可及時獲得運(yùn)算結(jié)果。而且,大型服務(wù)器群集擁有了GPU之后,更復(fù)雜的難題就能夠得以解決。而這種計算能力在以前還只是一個夢想。利用全國最快的超級計算機(jī)來解讀活體細(xì)胞的最小組件,正在加速藥品研究以及解釋生物進(jìn)程中其它至關(guān)重要的研究步伐。
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